《黑客帝国3》先知没有死。最后出现的史密斯是先知被感染后变成的，史密斯被消灭后，所有误差复原，先知被感染的过程自然发生逆转，变成了原来的先知。
史密斯感染了作为诱饵的尼奥，机器人掌握了删除史密斯和尼奥的办法，尼奥为进入矩阵的通道注入大量的删除代码，导致尼奥的大脑被烧毁直接死亡，而史密斯及其复制品在源源不断的删除代码中得以删除。
尼奥之所以放任史密斯侵蚀是为了让机器锁定史密斯并将他删除，最后尼奥和史密斯全都死了，整个系统彻底崩溃，设计师只能重新开发新的系统。尼奥和史密斯一正一负，史密斯把尼奥同化后死去，母体还原。
尼奥和史密斯特工的巅峰对决是影片的重头戏，为了拍摄这段场景，剧组耗费了八周时间，准备工作长达数月。
