《三大队》故事由一起奸杀案展开，14岁少女被两名盗贼奸杀，三大队只抓到了一个犯罪嫌疑人，另一个则逍遥法外，这是兄弟合伙作案，很好奇逃犯王二勇是怎么被抓到的，他藏了那么多年，最后还是被三大队找到了。

　　王大勇和王二勇都是亡命之徒，多次实施盗窃，结果弄出人命，性质十分恶劣。案发后，三大队只抓到了王大勇，而王二勇已经逃跑，为了得到王二勇的行踪，三大队对王大勇刑讯逼供，最后王大勇因受伤严重死亡，三大队全体成员都被判刑入狱，有的判十二年，有的判五年。

　　多年后，三大队的五个人陆续出狱，他们重新汇聚在一起，追查消失已久的王二勇，这个案子还没结束，王二勇必须受到严厉的惩罚。三大队都隐藏自己的真实身份，他们有的当出粗车司机，有的当小区保安，还有的当网吧管理员，就是为了暗访摸排，寻找王二勇的行踪。

　　三大队一边生活一边寻找王二勇，随着时间越来越久，三大队的人渐渐失去耐心，他们一个个都离开了查案队伍，最后只剩下程兵。程兵通过十几年的坚持，终于找到了王二勇，一开始老张认出了王大勇，在追捕过程中，因体力不支追丢了。

　　三大队好不容易找到了王二勇的线索，却发现他逃到了东北，之后又去了广西，当三大队到了广西后，王二勇又一次转移藏身的地方。最后程兵在放弃前准备去贵州去试一试，在这里他发现了王二勇，于是以送水工的身份寻衅滋事，与王二勇打架斗殴，两人都被抓回去，警方经过dna比对发现王二勇是逃犯，将其抓捕，而程兵离开了派出所，当年的奸杀案终于结案。